古代出雲の中心「意宇」の地には、旧石器時代や縄文時代にも狩猟や漁労、植物採集をおこなう人びとが住んでいた。弥生時代になると稲作農耕がおこなわれ、集落の数が増加し、中心地としての基盤ができた。

東西4.8㎞、南北3.5㎞の奈良時代の景観を1000分の１スケールで復元した模型。発掘された国庁・正倉・寺院・国分寺をはじめ『出雲国風土記』記載の郡家・駅家・軍団・市・渡・山陰道、そしてそれ以前から存在する古墳もふくめた歴史的景観を復元している。古代の地方都市をこれだけリアルに復元できるのは出雲以外にはない、必見のジオラマ。

『日本書紀』にもとづけば、出雲は埴輪の起源と関わりがあるともされる。平所（ひらどころ）遺跡埴輪窯跡出土の「見返りの鹿」埴輪（重要文化財）や、人物埴輪群としては日本最古級（５世紀中頃）の石屋古墳出土埴輪はとても有名。

この地域の豪族が、どのような経緯をたどって出雲の盟主に成長したのか、古墳のありかたをもとに紹介。

とりわけ、岡田山１号墳出土の「額田部臣」銘文入り大刀（重要文化財）は、ヤマトとの関係をもつリーダー（臣）が６世紀後半に実在したことを示す史料として注目される。

出雲国府跡の調査・研究成果をもとに、その機能や特色を展示。国府跡は現在も調査がつづいており、最新の成果も順次紹介する。

国分寺や新造院（豪族の私寺）、そして集落出土品を通して、奈良・平安時代の様相も紹介する。

中世から近世における国府域の変容と水田化、墓の今昔、風土記の丘地内の社寺にかかわる資料を展示。

また、出雲国庁跡の発掘にいたる調査研究史をあわせて紹介。展示室床面には風土記の丘全体の航空写真を設置している。